游離氨基酸含量大豆肽的功能特性和營養特性主要由肽體現，游離氨基酸并不是所需要的功能性成分，需要控制游離氨基酸的含量。所以，游離氨基酸也是很重要的檢測項目之一。

大豆肽的生產過程本質上是對大豆蛋白進行酶水解的過程。酶水解是一個復雜的生化反應過程，既需要選擇專一、高效的酶制劑又要控制水解條件。水解程度不夠，水解產物分子量大，產率低；水解過度，會產生大量的游離氨基酸，得不到所需要的、在一定分子量范圍的大豆肽產品。但是，不管選用何種酶制劑和酶解條件，都或多或少地產生游離氨基酸。游離氨基酸含量指標是衡量產品質量水平的重要參數。所以，要保證生產高純度的大豆肽，必須控制游離氨基酸含量。優質大豆肽的游離氨基酸的含量應該不高于5％。

衛生指標食品及其配料的衛生檢測項目屬強制性項目，要求格外嚴。作為一種營養豐富的功能性膳食配料，衛生指標應該作為大豆肽產品的重要檢測項目。

衛生檢測項目包括細菌總數、大腸桿菌和致病菌。

細菌總數是食品及其配料的一個通用衛生指標，國際知名企業如ADM，不二制油等的大豆分離蛋白產品質量指標中細菌總數為≤5000個／g；日本食品配料中細菌總數為≤5000個／g。國內大豆生產企業同類產品的細菌總數為≤30000個／g。國外乳粉和大豆蛋白配料質量指標中大腸桿菌和沙門氏菌一般為陰性；而國內同類產品大腸桿菌為≤30（MPN／100g），沙門氏菌一般為陰性。相比之下，國外食品配料的衛生標準普遍比國內要求高。為了與國際接軌，大豆肽產品的細菌指標應確定在10000個／g，大腸桿菌和沙門氏菌應為陰性。致病菌不得檢出。

其他指標除了上述的4個指標外，還有一些指標對產品的應用有著一定的影響，如水溶性、灰分等。大豆肽分子量小，水溶性好，在酸性條件下也能溶解，優質的大豆肽應該溶解迅速而且溶液澄清透明。大豆肽中的灰分除了大豆蛋白原料和蛋白酶外，沒有其他來源，因此大豆肽的灰分應該不高于7％。

以上幾個指標是衡量大豆肽產品質量優劣的主要指標，對這些指標通盤考慮，即可得出優質大豆肽的指標：蛋白質含量在85％以上；酸溶蛋白在99％以上；灰分不高于7％；分子量以低于1000Dalton為主，主要分布于300～700Dalton；產品在水中溶解迅速，溶液澄清，當水溶液的pH值調至4．5時，溶液保持澄清。